PickR

PickR

选择静电多样化的单体生成高质量、获取更好的知识产权

在你的R基团中寻找隐藏的关系,以提高组合库的多样性、提高的筛选命中率。

与其他方法不同,PickR使用3D静电和形状性质来描述单体之间的分子相似性,从而提供更有意义的化学空间来设计苗头化合物发现库。 PickR是与我们的客户合作开发的,并在药物化学家和合成化学家中建立了良好的声誉,它使数据库的化学多样性最大化。

计算化学家与化学信息科研人员用PickR可以:

  • 根据场和形状的3D多样性对试剂库中的化合物进行排序、挑选。
  • 对每一个试剂进行两两比对、计算静电与形状相似性
  • 生成相似性矩阵
  • 易于用更多的试剂对现有的库进行扩增
  • 用外部工具自动或手动聚类
  • 以2D或3D方式观察聚类结果

特性

  • 灵活的命令行界面
  • 支持本地或集群计算
  • 支持集群的队列管理系统
  • 自动多步骤计算
  • 通过XedEx构象分析工具对2D的SDF或SMILES格式试剂数据库处理
  • 支持3D构象

PickR是一款命令行应用,联合使用了Cresset与RDKit技术。

PickR 3D and 2D pictures of all side chains in the phenylalanine cluster 3D representations of all 20 clusters

2D_MACCS_vs 3D similarity for 200 boronic acids

3D and 2D pictures of all side chains in the phenylalanine cluster

3D representations of all 20 clusters generated from 200 boronic acids aligned to each other using the B-C bond of the boronic acids

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