Category Archives: 产品

CONFLEX

CONFLEX: 高性能构象分析

CONFLEX是一款高性能构象搜索软件,它可以快速、准确地进行构象分析。CONFLEX的独特之处在于它的构象搜索能力,通过对柔性分子构象空间穷举搜索,能找到每一个有化学意义的最优构象。CONFLEX还包括了预测振动频率、热力学性质、CD/UV/Vis光谱和3JHH NMR耦合常数的算法。CONFLEX与Gaussian一起用于ECD、VCD、NMR、IR等光谱计算。

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药效团识别流程

FieldTemplater

FieldTemplater药效团识别的假设是:两个分子以相似的结合模式(相互作用方式)结合到蛋白的同一个结合位点,因此化合物应该有高度相似的场点模式。FieldTemplater因此遍历一组配体的构象空间、并识别其公共场模式。多个结构多样化合物的场模式很可能就解释了这些化合物与靶标的结合模式。

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Lead Finder workflow

Lead Finder

Lead Finder是一款全新的分子对接软件,其设计的目的是用来满足计算化学家和药物化学家在药物发现过程中的需求,可以用于(1)虚拟筛选哪发现全新的先导化合物;(2)对活性化合物的高富集能力设计集中库;(3)预测活性化合物的3D结构;(4)快速地评估新设计的分子是否与结合位点匹配。

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AutoT&T

AutoT&T 2.0-高效的药物分子从头设计软件

AutoT&T(Automatic Tailoring and Transplanting)是一款具有我国自主知识产权的药物分子设计软件,可以实现先导化合物的自动构建和结构优化等一系列功能。在基于靶标结构的药物分子设计中,该软件可以作为产生配体分子三维结构的强大工具,突破人脑思维和已有知识的限制,提供全新的设计灵感。该软件采用了结构拼接构建配体分子的全新思路,突破了传统从头设计方法(De Novo Design)需要使用预制片段库(fragment library)的做法,执行效率是传统从头设计方法的10倍以上,且能产生结构多样性更好、成药性更强的分子设计方案。该软件还可以实现多线程先导化合物优化、共价结合配体分子的设计等特殊功能。另外,用户可以根据选定的靶标蛋白,灵活选择个性化的参考分子库,进一步提高分子设计方案的合理性。

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FLARE 基于结构的设计软件

FLARE

Flare V2是Flare的最新版本,一款开创性的基于结构的药物设计软件。Flare V2包含了:1)蛋白结构准备;2)蛋白静电相互作用势分析;3)静电互补性打分;4)WaterSwap结合自由能计算;4)3D-RISM水分子的位置值与稳定性计算;5)分子对接;6)Pyhton API任务自动化与自定义工作流。

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正版老马识途